在第350话中，自来也为了调查佩恩的身份来到雨忍村，并遇到了小南和长门，师徒大战就此展开。

自来也利用自己的能力，躲在了蛤蟆的身体里潜入成功，没想到遇到了小南，随后两人一番交流后，自来也把之前的忍者误认为了是长门的身份，因为两人的长头发再加上轮回眼很相似。

自来也也知道佩恩的实力，毕竟是晓组织的领头人，决定发动仙人模式，在这场战斗中，依然是佩恩占有了绝对的优势，自来也无奈之下暂时逃离，在蛤蟆仙人的建议下使用幻术困住了佩恩并杀死，没想到佩恩是可以复活的，趁着自来也不备打断了他的左臂。